Ugyancsak hátránya a programnak, hogy nincsen felkészülve összetett, több részből álló levelek kezelésére, és nincs a különböző levelező rendszerekkel összeintegrálva. Gyakorlatilag a PGP integrációs szempontból fájl titkosítást végez.
A PGP-ben meglehetősen gyenge a kulcsokat kezelő adatbázis, de a legtöbb felhasználó számára megfelelő teljesítményt nyújt pár száz levelező partnerig.
Ugyancsak nem megoldott a kulönböző kulcsok hitelesítése. A hatékony kulcshitelesítéshez egy központi adminisztrációs szervezet lenne szükséges.